Die Biogas produzierenden Mikroorganismen benötigen eine Temperatur von 38 bis 45°C (mesophil) oder sogar um die 55°C (thermophile Vergärung). Um die Abkühlung einerseits durch Wärmeverluste, aber andererseits und hauptsächlich durch die Fütterung kalter Substrate zu kompensieren, müssen der Fermenter und Nachgärer vom BHKW beheizt werden.

Bei Unterbrechung der Wärmezufuhr durch Stillstand des BHKW kühlen die Fermenter aufgrund ihres großen Volumens nur unwesentlich ab. Die Abkühlung um nur wenige Zehntel Kelvin bei einem Stillstand des BHKW beeinträchtigt die Biogaserzeugung nicht.

Nur sehr kleine Fermenter, die große Güllemengen aufnehmen müssen, werden durch die Substratzufuhr empfindlich kühler. In solchen Fällen ist es sinnvoll, die Fütterung mit kalten Substraten auf die Betriebszeit der BHKW zu verlagern.